江苏省生物质转化与过程集成工程实验室是2011年经江苏省发展和改革委员会批准设立的独立科研机构，其依托单位为淮阴工学院，联合淮安百麦绿色生物能源有限公司、淮安鸿玛生物科技有限公司等淮安本地科技型企业共同组建。
实验室现拥有全自动发酵罐、YQX-II厌氧培养箱、WJ-185T水套式二氧化碳培养箱、生物洁净工作台、超纯水系统、超低温冰箱、生物数码显微图像分析系统、荧光倒置显微镜、梯度PCR扩增仪、电转化仪、多功能电泳仪、Smart Gel II凝胶成像分析系统、蛋白质分离纯化系统、小型冷冻干燥机、贝克曼大容量离心机、超声波破碎仪等仪器。
实验室围绕生物质转化领域开展基础和应用基础性的前沿研究，根据江苏省生物质产业的发展需要，以苏北地区丰富的秸秆等生物质资源为对象，利用现代生物技术手段，研发具有自主知识产权的生物质转化关键技术，重点进行生物质转化产品、生物质液体燃料及能源生物技术的研究和过程工程开发，为苏北地区生物质高效利用及产业化提供技术支撑。现有四个研究方向，分别为酶工程、应用微生物与生物转化、生物能源、特色资源生物制品加工。
实验室有较强的学术研究与教学梯队，目前研究队伍中有教授8人，副教授20余人，其中博士、在读博士17人，研发团队中有国家“千人计划”1人，江苏省“海外名师”计划1人，江苏“六大人才高峰”计划2人，淮安市“有突出贡献中青年专家”2人。